Unità 4 - Cagliari

Abbiamo studiato con simulazioni di dinamica molecolare classica le tre isoforme umane di VDAC. Queste sono state caratterizzate dal punto di vista strutturale (Cluster analysis, fluttuazioni, apertura poro) ed elettostatico. Per quest’ultima caratterizzazione abbiamo proceduto con due metodi diversi:

abbiamo applicato un campo elettrico esterno e abbiamo calcolato la conducibilita rispetto agli ioni K+ e Cl- a una concentrazione di 0.5M (simulazioni di 60 ns per ogni isoforma)
abbiamo studiato la diffusione passiva degli ioni calcolando le curve di energia libera (5 simulazioni indipendenti di 100 ns per ogni isoforma)

Al momento stiamo terminando l’analisi delle simulazioni del punto 2). Pensiamo di poter pubblicare la caratterizzazione delle isoforme a breve. Nonostante le differenze nella sequenza primaria siano piccole, le tre isoforme mostrano differenze funzionali che stiamo correlando ai cambiamenti di aminoacidici.

Abbiamo acquistato i peptidi degli N-terminali delle 3 isoforme (per hvdac-2 sono stati presi 3 peptidi a lunghezza diversa, quindi 5 in tutto). L’obbiettivo e’ di caratterizzare strutturalmente i peptidi con metodi sperimentali (IR, NMR, CD) in ambienti diversi e in seguito confrontare questi dati con le simulazioni dei petidi in solvente e legati alla proteina.

Al momento abbiamo dei risultati preliminari con CD che saranno conclusi entro l'estate.

Sperimentazioni e collaborazioni in corso

Il ruolo delle cisteine in hvdac3 con partner Unità 1 - Catania
Elettrofisiologia con partner Bremen/Munich (Nanion gmbh)